Лицей "Днепр" был открыт в 1993 году при медакадемии. Его основателями выступили медакадемия и Департамент образования Днепропетровской ОГА.
В соответствии с договорами основателей, учебно-воспитательный процесс лицея осуществлялся в предоставленных в бесплатное пользование помещениях академии и финансировался и областного бюджета.
Следствием было установлено, что должностные лица областного отделения Фонда госимущества принуждали руководство медакадемии и лицея изменить условия предоставления помещений бюджетной организации с бесплатных на платные по существенно завышенным ставкам в 1%, а в дальнейшем – 5% от рыночной стоимости помещений, что требовало от государственных учреждений оплаты в размере сотен тысяч гривен, не предусмотренных планом ассигнований. Спор решался в судебном порядке и продолжался с 2007 по 2099 год.
Позицию медакадемии поддержали суды. Договоры были признаны незаконными, как и действия должностных лиц фонда.
Несмотря на это, в 2014 году фининспекция по итогам проведения ревизии деятельности медакадемии, начислила лицею задолженность в размере более 4 миллионов гривен, обвинила вуз в незаконном занятии помещений и обязала заключить договор аренды.
В марте 2013 года судом требования фининспекции были признаны необоснованными. Фонд госимущества отозвал свои требования аренды. Однако до этого отправил их в Министерство здравоохранения, что стало основанием для задержки согласования продления договора между медакадемией и лицеем. А должностные лица фонда, как значится в решении суда, продолжали настаивать на заключении договора аренды, настаивая на том, что это единственный путь обеспечения лицея помещениями.
В августе 2015 года представитель фонда на заседании в МОЗ свою позицию подтвердил, сообщив, что заключение договоров аренды законно и уведомив о наличии таковых в количестве более чем 40 штук.